Die Prozesskostenrechnung gewinnt für die logistischen Bereiche mehr und mehr an Bedeutung. Dies liegt vor allem daran, dass es durch den Einsatz der PKR möglich wird die einzelnen Prozesse in der Supply Chain mit einem Preis zu bewerten und diese nachträglich auch verursachungsgerecht den Aufträgen zuzuordnen und abzurechnen. Durch die Analyse der Prozesse und ihre kostentechnische Bewertung wird die Transparenz gesteigert und logistische Aktivitäten können genauer kalkuliert und zielgerichteter abgerechnet werden. Das Denken in Prozessen ist im heutigen Verständnis der Logistik aktueller Stand und findet auf diesem Weg auch Anwendung in der Buchhaltung und dem Controlling.
Die PKR ergänzt die bestehende Kostenrechnung um eine prozessorientierte Denkweise und bringt somit Licht in die Prozesse der Hidden Factory. In der herkömmlichen Kostenrechnung werden die Gemeinkosten über Schlüssel auf die Produkte verteilt. Das Problem hierbei ist jedoch, dass Produkte (im Bereich Lager/Logistik sprechen wir z.B. von den bearbeiteten Aufträgen) bei der Leistungserstellug verschiedene Prozesse durchlaufen und insofern auch verschiedene Kosten verursachen, die durch die herkömmliche Kostenrechnung und deren Verteilungsschlüssel nicht unterschieden werden können. Mit Hilfe der PKR wird dies möglich, da nun die Prozessschritte einzeln bepreist werden können. Durch eine bessere Verrechnung der Gemeinkosten können Standardprozesse ggf. günstiger werden, aufwendige "Exoten" mit vielen Sonderwünsche erhalten so einen entsprechende höheren Preis.
Einfaches Beispiel ist die Abwicklung zweier Kundenaufträge, die jeweils als ein Paket versendet werden. Kunde A bestellt ein Handy, welches automatisiert im automatischen Kleinteilelager kommissioniert wird, während Kunde B eine Flasche Parfüm bestellt, dass im Gefahrgutlager manuell kommissioniert werden muss. Hier wird schon deutlich, dass die Prozesse hinter diesen beiden Kommissionieraufträgen sehr verschieden sind - auch wenn das Ergebnis (der Versand eines Pakets) das Gleiche ist - diese Unterschiede in den Prozessen kann die Prozesskostenrechnung deutlich machen